神经系统能接受刺激并将刺激转变为神经冲动进行传导，以调节有机体各器官的活动，保持各器官之间以及机体与外界环境间的平衡和协调一致，以维持机体正常的生命活动。一旦神经系统发生异常，立即引起平衡失调，蝎子的生理活动就会异常。蝎子的神经系统由脑、腹神经索、腹神经节及其分支神经组成。
脑包括脑神经节和咽下神经节，以及连接脑神经节和咽下神经节的咽神经。脑神经节又称咽上神经节，不发达，呈双叶形，位于食道的背面，分支到触肢和步足。由脑神经节分出一对神经纤维，绕过食道形成围咽神经，并和咽下神经和腹神经索相连。腹神经索呈索状，是由咽下神经节向后伸出的纵神经，具有7个腹神经节，即腹部的每个体节上都有一个腹神经节。每个腹神经节又分支出神经到本体节。蝎子这种神经系统的整体似索状，故称索式神经。另外，从脑神经还分支出许多分支神经，分别到达眼、栉状器、附肢和生殖厣等处。总之，神经纵贯全身，协调全身的活动。

蝎子的神经系统与感觉器官结构
另外，在脑的神经节以及腹神经节中，往往集中了成丛的神经分泌细胞，它无特殊的导管，其分泌物直接进入血液中，属于内分泌激素。这种激素与蝎子的蜕皮生长，以及生殖细胞的成熟有关，也与蝎子的发情、交配等行为有关。
感觉器官为感觉神经末梢的特殊结构，能分别接受体内、外环境中的某种特殊刺激，并能将其转变为神经冲动，沿传入神经传到中枢而产生相应的感觉，从而使蝎子对环境的各种信息作出必要的利于自身生存的机警敏捷的反应。蝎子的感觉器官有眼、栉状器以及身上的神经的“毛”。
蝎子有1对中眼和3对侧眼，其中中眼比侧眼发达，但它们都是单眼。每个单眼由角质晶体、表皮层、杆状细胞和网状细胞所构成。单眼的视力很差，一般只能在很短距离内识别交配中的配偶或近身旁活动的小动物，基本上没有搜寻、跟踪、追捕食物的能力。单眼有敏感的感光能力，蝎子靠单眼能感知光线的强弱，对强烈的刺激性大的强光避而远之，而对弱光却往往又有趋向的行为。
蝎子全身表面遍布触毛，在附肢表面最多，这种毛基膨大形成球状，里面有很多感觉细胞，只要它们受到刺激就很快产生冲动，传入神经中枢，然后神经中枢发出“命令”，调控蝎子的行动。由于感觉细胞不同，毛的感觉功能有所区别，如专门感觉触角的触毛，靠触毛可以识别地面的震动、爬走在路上的异物等。还有专门的听觉感受器——听毛，着生在步足上，它可以接受气流和低频率的空气振动，所以能感知外界环境中的各种噪声，并且立即逃避躲藏。还有味觉感受器——味毛，它位于步足的末端和触肢上，蝎子接触到小动物时，能嗅出小动物是死是活，一旦嗅出死的动物时，往往拒绝捕食。蝎子也能嗅出外界环境中的各种有害气味如农药、酒味等而逃走。蝎子交配时，公蝎能够嗅到母蝎散发出的清香——性诱集素，而前往与母蝎交配。此外，在蝎子的外骨骼还有感知和传递机械压力的信息，为蝎子选择蝎窝、向前或向下爬走起决定性的作用。
蝎子腹部的栉状器中也布满了神经末梢和感觉细胞，也是特殊感觉器官，有感觉维持身体平衡和感知异性的功能，在母蝎交配时栉状器在传递精荚时起到决定性的作用。